В ноябре 1905 г. результаты конфронтации по всей России ещё не были ясны. Правительство было максимально ослаблено. «Гибкая» политика Витте привела к ухудшению ситуации. Он пытался взять ситуацию под контроль путем политического жонглирования. Витте одновременно пытался умиротворить умеренную оппозицию, добившись ослабления радикалов, и ублажить царя, держа его в то же время в страхе для того, чтобы иметь в руках реальную власть. В это же время власти усилили репрессии.
Однако быстро выяснилось, что стихию, которая бушевала в империи, нельзя успокоить изощрёнными политическими интригами. Витте пытался добиться компромисса с либералами в процессе создания их наиболее сильной партии — Партии конституционных демократов (кадетов). Он предложил некоторым членам партии войти в правительство, но за это они должны были разорвать союз с радикалами. Он это называл «отсечением либералами революционного хвоста». Конституционные демократы не приняли это предложение: не захотели, а возможно, уже и не могли, революционная стихия диктовала свои условия. А обращение Витте к рабочим с призывом умерить агрессивность («Братцы рабочие»), вызвало только насмешки. Полный провал политики главы правительства привёл к тому, что основной упор сделали на репрессиях. В своих мемуарах более позднее периода Витте свалил ответственность за репрессии на министра внутренних дел Дурново и царя Николая II. Однако факты показывают, что Витте причастен к планированию репрессий, к организации карательных экспедиций и к законодательным актам, ограничивающим свободы которые даровал Октябрьский манифест.
Социал-демократы, эсеры, кадеты и многие националисты на нерусской периферии относились к всеобщей забастовке и Октябрьскому манифесту только как к прелюдии «настоящей» свободы, которую ещё надо вырвать у режима. Что следовало делать дальше, было менее понятно. Социал-демократы и социалисты-революционеры видели будущее в революции, ведущей к созданию республики и к масштабным социальным реформам. Либералы как обычно спорили и сомневались. Часть была удовлетворена уже достигнутым и хотела сбить накал революции и постепенно создать работающий парламент. Другие требовали широких социальных реформ и нового парламента, избранного на основе принципа «один человек — один голос». Национальные движения окраин следовали путём социалистов или либералов, а также имели свои особенные цели — требовали автономию или полную независимость своих регионов.
Поэтому ситуация оставалась тяжелой. Политические забастовки следовали одна за другой. В декабре 1905 г. они достигли высших месячных показателей в России. Прозвучал призыв к отказу от уплаты налогов, а также к неповиновению армии в ответ на правительственные репрессии. Аграрные беспорядки продолжались, крестьяне жгли усадьбы. Большинство населения Латвии и Грузии отказывались подчиняться властям, их поддерживали польские губернии. Сибирь была в огне. Мятежные солдаты и восставшие рабочие даже временно блокировали Транссибирскую магистраль, и захватили Иркутск, то есть парализовали сообщения центральной части России с Дальним Востоком. Гарнизон Читы, включая офицеров и командующего, призвал к реформам и выступил против «политического использования армии» правительством. Правда, решительные генералы в армии ещё были, и довольно скоро они деблокировали Транссиб. Карательными экспедициями руководили генералы А. Н. Меллер-Закомельский и П. К. Ренненкампф.
В декабре 1905 — январе 1906 гг. революция ещё продолжала бушевать, но правительственные силы уже одерживали вверх. Последней крупной вспышкой было восстание в Москве. 7 (20) декабря прозвучал призыв к ещё одной политической забастовке. Она провалилась в столице, ослабленная арестами, но была поддержана в Москве.
Ситуация в старой столице была напряженной. В Москве были арестованы руководители Почтово-телеграфного союза и почтово-телеграфной забастовки, члены Союза служащих контроля Московско-Брестской железной дороги, закрыты многие газеты. Одновременно среди большинства социал-демократов, эсеров, анархистов Москвы утвердилось мнение о необходимости в ближайшее время поднять вооруженное восстание.
Призывы к вооруженному выступлению печатались в газете «Вперёд», звучали на митингах в театре «Аквариум», в саду «Эрмитаж», в Межевом институте и Техническом училище, на фабриках и заводах. Слухи о готовившемся выступлении вызвали массовое (до половины состава предприятий) бегство рабочих из Москвы. В начале декабря начались волнения в войсках Московского гарнизона. 2 декабря выступил 2-й гренадерский Ростовский полк. Солдаты требовали увольнения запасных, увеличения суточного содержания, улучшения питания, отказывались нести полицейскую службу, отдавать честь офицерам. Сильное брожение происходило и в других частях гарнизона (в гренадерских 3-м Перновском, 4-м Несвижском, 7-м Самогитском, 221-м Троице-Сергиевском пехотных полках, в сапёрных батальонах), среди пожарных, тюремной стражи и полицейских. Однако власти своевременно смогли успокоить солдат. К началу восстания благодаря частичному удовлетворению требований солдат волнения в гарнизоне утихли.
В полдень 7 декабря гудок Брестских железнодорожных мастерских возвестил о начале стачки. Для руководства стачкой созданы Федеративный комитет (большевики и меньшевики), Федеративный совет (социал-демократы и эсеры), Информационное бюро (социал-демократы, эсеры, Крестьянский и Железнодорожный союзы), Коалиционный совет боевых дружин (социал-демократы и эсеры), Боевая организация Московского комитета РСДРП. Вокруг этих органов группировались организаторы восстания Вольский (А.В. Соколов), Н. А. Рожков, В. Л. Шанцер («Марат»), М. Ф. Владимирский, М. И. Васильев-Южин, Е. М. Ярославский и др. Остановилось большинство предприятий Москвы, около 100 тыс. рабочих прекратили работу. Многие предприятия «снимались» с работы: группы рабочих бастовавших фабрик и заводов останавливали работы на других предприятиях, иногда по предварительному сговору, а часто вопреки желанию рабочих. Наиболее распространёнными были следующие требования: 8—10-час. рабочий день, 15-40% надбавка к зарплате; вежливое обращение; введение «Положения о депутатском корпусе — запрет на увольнение депутатов московских и районных Советов рабочих депутатов, их участие в найме и увольнении рабочих и т.п.; разрешение свободного доступа посторонних в фабричные спальни; удаления с предприятий полиции и т. д.
Контр-адмирал, московский генерал-губернатор Фёдор Дубасов ввёл в Москве Положение чрезвычайной охраны. Вечером 7 декабря были арестованы члены Федеративного совета, 6 делегатов железнодорожной конференции, разгромлен профсоюз печатников. 8 декабря забастовка стала всеобщей, охватив свыше 150 тыс. человек. В городе не работали фабрики, заводы, типографии, транспорт, государственные учреждения, магазины. Погас свет, потому что прекратилась подача электроэнергии, остановились трамваи. Торговали только некоторые небольшие лавки. Выходила только одна газета — «Известия Московского совета рабочих депутатов». Газета опубликовала воззвание «Ко всем рабочим, солдатам и гражданам!» с призывом к вооруженному восстанию и свержению самодержавия. Стачка продолжала расширяться, к ней присоединились: профессионально-политические союзы медицинских работников, фармацевтов, присяжных поверенных, судебных служащих, средних и низших городских служащих, Московский союз деятелей средней школы, Союз союзов, «Союз равноправности женщин», а также московский отдел Центрального бюро Конституционно-демократической партии. Не бастовала только Николаевская железная дорога. Николаевский вокзал был занят войсками.
Члены боевых дружин стали нападать на полицейских. Днём 9 декабря эпизодически возникала перестрелка в разных концах города. Вечером полиция окружила митинг в саду «Аквариум», все участники обысканы, 37 человек арестованы. Однако дружинникам удалось сбежать. Тогда же произошло первое серьёзное вооруженное столкновение: войска обстреляли училище И. И. Фидлера, где собирались и обучались эсеровские боевики. Полицейские арестовали 113 человек, были захвачены оружие и боеприпасы.
Надо сказать, что револьверов и ружей у боевиков хватало. Оружие закупали в Швеции, тайно изготавливали на Прохоровской фабрике на Пресне, на фабрике Цинделя в Большой Черкасском переулке, у Сиу на Петербургском шоссе и Бромлея в Замоскворечье. Кипела работа на предприятиях Винтера, Диля, Рябова. Оружие захватывали в разгромленных полицейских участках. Спонсировали боевые отряды некоторые предприниматели, деньги на оружие собирали рабочие, многие представители интеллигенции. Поддержку восставшим деньгами и оружием оказывали администрация фабрик Э. Цинделя, Мамонтова, Прохорова, типографий И. Д. Сытина, Товарищества Кушнерёва, ювелир Я. Н. Крейнес, семья фабриканта Н. П. Шмита, князь Г. И. Макаев, князь С. И. Шаховской и др.
В ночь на 10 декабря началось строительство баррикад, продолжавшееся весь следующий день. Одновременно решение о строительстве баррикад принял восстановленный Федеративный совет, поддержанный эсерами. Баррикады опоясали Москву тремя линиями, отделив центр от окраин. К началу восстания в Москве было 2 тыс. вооруженных дружинников, 4 тыс. вооружились в ходе борьбы. Стянутые в центр города войска оказались отрезанными от казарм. В отдалённых районах, отгороженных от центра линиями баррикад, боевые дружины перехватывали власть в свои руки. К примеру, возникла «Симоновская республика» в Симоновой слободе. Действиями восставших на Пресне руководил штаб боевых дружин во главе с большевиком З. Я. Литвиным-Седым. В этом районе были сняты все полицейские посты и ликвидированы почти все полицейские участки. За поддержанием порядка следили районный Совет и штаб боевых дружин.
10 (23) декабря отдельные столкновения переросли в ожесточенные бои. Сводный отряд под командованием генерала С. Е. Дебеша не мог навести порядок в огромном городе. Подавляющая часть солдат Московского гарнизона оказалась «неблагонадёжной». Солдат разоружили и заперли в казармах. В первые дни восстания из 15 тыс. солдат Московского гарнизона Дубасов смог двинуть на улицы лишь около 5 тыс. человек (1350 человек пехоты, 7 эскадронов кавалерии, 16 орудий, 12 пулемётов), а также жандармские и полицейские подразделения. Дубасов понял, что с восстанием ему не справиться и просил прислать из Петербурга бригаду. Командующий войсками Петербургского военного округа великий князь Николай Николаевич не хотел отправлять войска, но император Николай II приказал отправить в Москву Семёновский полк. Затем в Москву отправили и другие части.
Войска были сосредоточены у Манежа и на Театральной площади. Из центра города войска пытались продвигаться по улицам, расстреливая баррикады. Артиллерия применялась и для разрушения баррикад, и для борьбы с отдельными группами дружинников. Небольшие группы боевиков использовали террористическую тактику: обстреливали войска из домов, обозленные солдаты вели ответный огонь, а революционеры скрывались. Под удар попадали невинные люди. В итоге погибших и раненых мирных жителей было намного больше, чем боевиков и солдат, полицейских.
11—13 декабря войска разрушали баррикады (а революционеры их вновь строили), обстреливали дома, откуда вёлся огонь, шла перестрелка между солдатами и дружинниками. Начался артобстрел Пресни. Ожесточённая схватка развернулась на Каланчёвской площади, где боевики многократно атаковали Николаевский вокзал, пытаясь перерезать железную дорогу Москва — Петербург. 12 декабря на площадь специальными поездами прибыли подкрепления от рабочих Люберецкого и Коломенского заводов во главе с машинистом, бывшим унтер-офицером, эсером А.В. Ухтомским. Бои продолжались в течение нескольких дней.
14 декабря почти весь центр Москвы был очищен от баррикад. 15—16 декабря в город прибыли лейб-гвардейский 1-й Екатеринославский, гренадерские 5-й Киевский, 6-й Таврический, 12-й Астраханский, а также лейб-гвардейский Семёновский, 16-й пехотный Ладожский и 5 казачьих полков, что обеспечило Дубасову полное превосходство над восставшими. Особую роль в подавлении восстания принадлежала решительному командиру лейб-гвардии Семёновского полка Георгию Мину. Мин отправил третий батальон полка под командованием полковника Римана в рабочие посёлки, заводы и фабрики по линии Московско-Казанской железной дороги, для ликвидации восстания там. Сам с остальными тремя батальонами и полубатареей лейб-гвардии 1-й артиллерийской бригады, прибывшей вместе с полком, немедленно перешёл к боевым действиям в районе Пресни, где ликвидировал центр восстания. Подразделения лейб-гвардии Семеновского полка захватили штаб революционеров — фабрику Шмита. Мин издал приказ подчинённым: «Арестованных не иметь, пощады не давать». Без суда было расстреляно более 150 человек. Из расстрелянных наиболее известен Ухтомский. Мина убили в 1906 г.
При этом не стоит обвинять армию в излишней жестокости. Войска лишь ответили жестокостью на жестокость. Да и нет других методов в деле подавления мятежей и восстаний. Кровь в таком деле останавливает большую кровь в будущем. Боевики, революционеры действовали не менее свирепо. От их рук погибло много невинных людей.
15 декабря в центре города открылись банки, биржа, торгово-промышленные конторы, магазины, приступили к работе некоторые фабрики и заводы. 16—19 декабря начались работы на большинстве предприятий (отдельные заводы бастовали до 20 декабря). 16 декабря горожане начали разбирать оставшиеся баррикады. Город довольно быстро вернулся к обычной жизни. Тогда же Московский совет, Московский комитет РСДРП и Совет боевых дружин постановили с 18 декабря прекратить восстание и забастовку. Московский совет выпустил листовку с призывом организованно закончить восстание.
Больше всех сопротивлялись на Пресне. Здесь сосредоточились наиболее боеспособные дружины численностью около 700 человек. Семёновцы вели штурм Пресни со стороны Горбатого моста и захватили мост. В результате артобстрела разрушены фабрика Шмита, баррикады у Зоопарка, подожжён ряд домов. Утром 18 декабря штаб боевых дружин Пресни отдал приказ дружинникам о прекращении борьбы, многие из них ушли по льду через Москву-реку. Утром 19 декабря началось наступление на Прохоровскую мануфактуру и соседний Даниловский сахарный завод, после артобстрела солдаты захватили оба предприятия.
В период восстания ранены 680 человек (в том числе военные и полицейские — 108, дружинники — 43, остальные — «случайные лица»), убиты 424 человека (военные и полицейские — 34, дружинники — 84). В Москве арестованы 260 человек, в Московской губернии — 240, уволены сотни рабочих Москвы и Московской губернии. В ноябре — декабре 1906 г. в Московской судебной палате состоялся суд над 68 участниками обороны Пресни: 9 человек приговорены к различным срокам каторги, 10 человек — к тюремному заключению, 8 — к ссылке.